Lors de la création de la Municipalité en 1842 et jusqu'en 1844, les livres de comptes sont tenus par un conseiller administratif. En 1844, pour la première fois, un teneur de livre est rattaché au Bureau du Conseil administratif, sans former toutefois un service distinct. En 1883, le teneur de livre prend également le titre de "chef de la comptabilité". Dès 1900, la comptabilité emploie, hormis son chef, un commis; en 1902, le Service prend officiellement le nom de Comptabilité générale. A la veille de la Première Guerre mondiale, la Comptabilité générale emploie cinq personnes. En 1936, elle est intégrée à une structure nouvellement créée, les Services financiers, à laquelle succédera en 1987 le Département des finances et de l'administration générale.
Le Service de la comptabilité générale et titres est rebaptisé en 1999 Service de la comptabilité générale et du budget, après que la préparation et le contrôle du budget, qui lui avaient été retirés en 1991, lui ont été restitués. Ce service est rattaché à la Division des finances du Département des finances et de l'administration générale. Actuellement, le Service de la comptabilité générale est scindé en deux sections : comptabilité générale et budget. Un chef de service est à la tête du Service; il est assisté d'un sous-chef de service et d'un chef de la section budget.
A l'origine, la tâche du teneur de livre de la Ville de Genève est de maintenir à jour le Grand livre en enregistrant chaque mois les recettes et les dépenses, les pièces comptables et les retours de la caisse. Dès le début des années 1970, la Comptabilité générale s'occupe également de la gestion des titres.
Aujourd'hui, la mission du Service de la comptabilité générale et du budget est de tenir à jour la comptabilité de l'ensemble des services de la Municipalité, ainsi que de contrôler et de payer les factures des fournisseurs; c'est également à ce service qu'incombe la charge d'établir et de contrôler le budget de fonctionnement de la Ville de Genève. De plus, la Comptabilité générale établit des statistiques pour chaque exercice comptable et assure le suivi et la formation des administrateurs des autres services ayant à charge une activité comptable.
